司法書士に払う費用が高すぎる気がします

実は、あの費用の大半は、司法書士の儲けではなく、国（法務局）に納める「登録免許税」という税金です。

登記費用の正体は、大きく分けて2つです。
※その他としては郵送費・登記簿謄本取得費などの実費がかかります。

１登録免許税
登記の申請をする際、国（法務局）に納める税金です。
たとえば、売買を原因とする建物の所有権移転登記では、評価額の２パーセントです（土地、居住用の家屋など、減税されることもあります）。
評価額５００万円の建物だと、１０万円もかかります。

２司法書士への報酬
間違いのないよう、確実に手続きを代行する専門家としていただく報酬です。
事務所によって金額は異なります。